二十年，清军再次兵发北疆，打败了准噶尔，进占伊犁，收用降将阿睦尔撒纳，任命其为清朝定北将军班第的副将军。并且释放了被准噶尔囚禁于北疆的大小和卓博罗尼都、霍集占两兄弟，令大和卓博罗尼都回到南疆的叶尔羌，统其旧部，留小和卓霍集占于伊犁，主掌回人事务。

    不久，阿睦尔撒纳降而复叛，小和卓霍集占也积极参与叛乱。乾隆二十一年，叛乱被粉碎，霍集占就率领伊犁的残部逃回南疆，煽动其兄博罗尼都于南疆起事叛清。乾隆皇帝在和平解决南疆叛乱的努力失败之后，于乾隆二十三年出兵南疆，很快就平息了大小和卓的这场叛乱。博罗尼都和霍集占也于乾隆二十四年八月兵败巴达克山。

    回疆平定以后，清朝在这一地区推行了军府制下的伯克制。所谓军府制，即在回疆八城驻有办事大臣、领队大臣，并设一参赞大臣，驻节喀什噶尔，节制各城，总管回疆政务，参赞大臣听命于驻扎北疆的伊犁将军管辖。驻扎大臣主要掌军务，也过问民政，但民政日常事务主要由回人贵族中挑选出来的各级伯克来管理。伯克之首为阿奇木。军府制度保证了清朝对回疆的有效控制。

    但是，隐患并未消除。大小和卓兵败被诛后，大和卓博罗尼都的儿子萨木萨克漏网逃脱，流落到浩罕汗国。萨木萨克共有三个儿子，长子玉素普，二子即是张格尔，三子巴布顶。张格尔全称为“张格尔和卓”，意思是“世界的和卓”。本来萨木萨克逃到浩罕汗国以后，浩罕为避免与清朝结怨，于是，便将此情报告了清政府，并许诺愿意承担监守逃入的责任。清政府也担心萨本萨克及后代子孙潜蓄势力，终为边患，遂每年拨出专银一万两，使浩罕汗约束逃犯。